Гидрография
Маркакольская котловина окаймлена горными хребтами
Курчумским и
Азутау. На северо-востоке она сочленяется с Бобровской впадиной, а на юго-западе по реке
Калжыр имеет выход в Зайсанскую долину. Озеро расположено на высоте 1447 м над уровнем моря, имеет овально-вытянутую форму и простирается с северо-востока на юго-запад. Побережье местами заросло
лесом или обрываются скалами, кое-где покрыто лугами. Длина озера — 38 км, ширина — 19 км, площадь — 455 км², длина береговой линии — 106 км, глубина в среднем — 14,3 м, максимальные глубины — 24-27 м. В озёрной чаше содержится 6,5 км³ воды. Площадь водосбора составляет 1180 км². Всего в озеро впадает 50 водотоков, основными являются Тополевка, Тихушка, Еловка, Карабулак, Жиренька. Из озера вытекает единственная река
Калжыр.
[2] Вода в Маркаколе очень прозрачная. Цветовая гамма озера Маркаколь разнообразна: от синего или голубого в ясную погоду, до серо-чёрного, серебристого при перемене погоды. Состояние водного зеркала в течение суток меняется множество раз. Вода в озере ультрапресная, очень мягкая, слабо-кислая, относящаяся к гидрокарбонатному классу, кальциевой группе. Озеро на зиму замерзает. Начало ледостава отмечается со второй декады октября, средняя дата — 20 ноября. На зиму остаётся незамёрзшим исток реки Калжыр, а в тёплые зимы и русла некоторых горных рек, впадающих в озеро Маркаколь. Толщина льда достигает 60-120 см.
[2]